Когда-нибудь приходилось сталкиваться с через-мерным свопом в линуксе? Особенно при больших значениях innodb_buffer_pool_size. Посмотрим что у нас с памятью:

У нас еще есть 50792 + 52 + 954592 = 1005436кб свободной памяти, а система уже начинает свопится. И вот в чем причина:
Читать дальше...

Сервер MySQL имеет огромное количество переменных, которые могут быть настроены для ожидаемого поведения или в целях повышения производительности. Несмотря на то, что все они документированы, существует некоторая путаница с тем, какие переменные применяются только к конкретному движку базы данных, а какие ко всем.

Читать дальше...